Peptid Sintezi

Bu gün Tokio Universitetinin professoru Hiroaki Suqanın komandasının Angewandte Chemie International Edition-da dərc olunmuş "Topoloji cəhətdən təyin olunmuş tioizoindol-körpülü bisiklik peptidlərin ribosomal sintezi" adlı mühüm tədqiqatını paylaşırıq. Bu tədqiqat tioizoindol körpüsünə əsaslanan bisiklik peptidlər üçün yeni sintetik strategiya hazırladı. Yarıkarbazonla qorunan 2-nikotinoilbenzaldehid amin turşusu (Ac-Ala(NtBA)Sc-CME) tərcümə təşəbbüskarı kimi dizayn edilərək, çevik in vitrotranslyasiya (FIT) sistemindən istifadə edərək peptid zəncirlərinə səmərəli şəkildə daxil edildi. Daha sonra, mülayim turşu müalicəsi molekuldaxili bisiklikləşmə reaksiyasını tetikledi və struktur baxımından dəqiq bisiklik peptidləri uğurla qurdu. Bu metod mRNA ekran texnologiyası ilə tam uyğundur və dərman kəşfi üçün genişmiqyaslı, topoloji cəhətdən təyin olunmuş bisiklik peptid kitabxanalarının qurulması üçün güclü bir platforma təmin edir.

Bu gün Çin elmi qrupunun Science Advances jurnalında dərc etdiyi əhəmiyyətli tədqiqat nəticələrini paylaşırıq. Tədqiqatda modulyar 1,3,5-triazin iskelesinə əsaslanan yeni sistein (Cys)-selektiv biokonjugasiya texnologiyası — Triazin-Piridinium Kimyası (TPC) təqdim olunur. Bu iş antikor-dərman konjugatları (ADC) kimi terapevtik tətbiqlərdə daha yüksək stabilliyə malik Cys-selektiv reagentlərə olan kritik ehtiyacı həll edir. Sistematik struktur dəyişiklikləri və hesablama tədqiqatları vasitəsilə komanda fizioloji şəraitdə (pH 7.4) Cys-in demək olar ki, kəmiyyət etiketlənməsinə (>95% məhsuldarlıq) nail ola bilən, eyni zamanda tirozinə (Tyr) qarşı reaktivliyi effektiv şəkildə basdıra bilən və erkən TPC zondlarının məhdudiyyətlərini aradan qaldıra bilən bir reagent optimallaşdırdı. Tədqiqat onun terapevtik antikor trastuzumab da daxil olmaqla müxtəlif peptidlər və zülallarla yaxşı uyğunluğunu nümayiş etdirdi və ADC-lərin qurulmasında potensialını nümayiş etdirdi. Optimallaşdırılmış etiketləmə metodu bioloji mühitlərdə konjugatların əla stabilliyini təmin edir və bu yanaşmanın praktik tətbiq dəyərini vurğulayır.

Bu gün Yaponiyanın Çubu Universitetinin Peptid Elm Mərkəzindən Tomohiro Hattori və Hisashi Yamamoto komandası tərəfindən Üzvi Proses Tədqiqatları və İnkişafı jurnalında dərc olunmuş mühüm bir tədqiqat məqaləsini paylaşırıq. Həddindən artıq aşqar istifadəsi, yan məhsulların əmələ gəlməsi və prosesin mürəkkəbliyi kimi ənənəvi peptid sintezindəki uzunmüddətli problemləri həll edən bu tədqiqat, pentafluorofenil (Pfp) efirlərinə əsaslanan yeni bir axın kimyası sintez strategiyası hazırladı. Bu metodun əsasını heç bir əlavə tələb etmədən stexiometrik amin turşusu efirləri - o cümlədən yüksək dərəcədə çətinlik yaradan N-metil amin turşusu efirləri ilə səmərəli və sürətli kondensasiya əldə etmək üçün Pfp efirlərinin yüksək reaktivliyindən və stabilliyindən istifadə etmək təşkil edir. Tədqiqat, həmçinin onlayn deproteksiya üçün DBU polimeri ilə inteqrasiya olunmuş davamlı axın sistemi yaratdı və dipeptidlərdən pentapeptidlərə (Leu-enkefalin və timopentin kimi bioaktiv ardıcıllıqlar daxil olmaqla) ardıcıl yığılmanı uğurla həyata keçirdi. Məhsullar yüksək təmizliklə əldə edildi və sistem qram şkalasında avtomatlaşdırılmış, uzunmüddətli sintezə imkan verdi. Bu iş peptid dərmanları üçün yaşıl, səmərəli və miqyaslana bilən istehsal proseslərinin inkişafı üçün tamamilə yeni bir həll yolu təqdim edir.

Bu gün Lin Donqun rəhbərlik etdiyi komandanın Organic Letters jurnalında dərc olunmuş mühüm bir tədqiqat məqaləsini paylaşırıq. Bu iş, yeni hidrofob etiketlə dəstəklənən maye fazalı peptid sintezi (LPPS) strategiyası hazırlamaqla Tirzepatid peptid dərmanı (2-ci tip diabet və piylənmənin müalicəsi üçün yeni ikili hədəf agonisti) üçün bərk fazalı peptid sintezində (SPPS) yüksək qiymətli və çətin prosedurların maneələrini aradan qaldırır. Bu metod, həll olunan hidrofob etiketləri (TAGa və TAGb) təqdim edir, onların unikal həllolma xüsusiyyətlərindən istifadə edərək səmərəli ayrılma əldə edir və amin turşusu və həlledici tullantılarını əhəmiyyətli dərəcədə azaldır. Həmçinin, yan zəncir yığımını dəqiq idarə etmək üçün lizin üzərində ikili qoruma (Cbz/Fmoc) strategiyasından istifadə edir və nəticədə 39 amin turşusu Tirzepatidi yüksək məhsuldarlıqla uğurla sintez edir. Bu iş, mürəkkəb peptid dərmanlarının yaşıl və iqtisadi cəhətdən genişmiqyaslı istehsalı üçün yeni bir yanaşma təqdim edir.

Bu gün sizinlə Lanzhou Universitetinin Sinxiang Lei rəhbərlik etdiyi qrupun Angewandte Chemie International Edition-da dərc olunmuş mühüm tədqiqatını paylaşırıq. Bu iş, tiol-en fotoklik kimyasının qorunmayan peptidlərin səmərəli bisiklləşməsinə ilk tətbiqini qeyd edir və sürətli, yüksək selektiv və yüksək biouyğunluqlu yeni bir metod hazırladı. Tədqiqatçılar ucuz və asanlıqla əldə edilə bilən tri-alken çarpaz bağlayıcı TAIC-dən ustalıqla istifadə etdilər. Görünən işığın aktivləşdirilməsi altında siklləşmə cəmi 6 dəqiqə ərzində tamamlanır. Onlar bunu faj ekran texnologiyası ilə uğurla inteqrasiya edərək, genetik kodlanmış bisiklik peptid kitabxanası qurdular və vacib dərman hədəfi siklofilin A üçün ultra yüksək submikromolyar affinliyə malik yeni ligandları araşdırdılar. Bu tədqiqat məhdud peptid dərmanlarının kəşfi üçün güclü və çox yönlü yeni bir platforma təmin edir.

Bu gün Şanxay Jiao Tong Universitetində professor Pinq Vanqın komandasının rəhbərliyi ilə aparılan və Angewandte Chemie International Edition-da dərc olunmuş mühüm tədqiqatları sizinlə bölüşürük. Bu tədqiqat, zülal kimyəvi sintezində sisteinin (Cys) selektiv qorunması və deproteksiyasının əsas problemini həll edir və yeni bir pikolil (Pic) əsaslı qəfəsləmə/qəfəsdən çıxarma strategiyası hazırlayır. Sadə pH və dalğa uzunluğu nəzarəti vasitəsilə bu iş Cys qalıqlarının səmərəli, ortoqonal qorunmasına nail olur. Bu, İnterleykin-4 (IL-4) və Şiş Nekroz Faktoru-α (TNF-α) kimi mürəkkəb zülalların sintezində uğurla tətbiq olunaraq, dəqiq zülal modifikasiyası və sintezi üçün innovativ bir vasitə təmin edir.

Bu gün biz Zhengbiao Zhangın komandasının rəhbərliyi ilə Angewandte Chemie International Edition-da dərc olunmuş əhəmiyyətli tədqiqatları paylaşırıq. Bu tədqiqat, innovativ ikiqat öz-özünə təşviq edilən halqa açma polimerləşmə strategiyası vasitəsilə həcmli kiral yan zəncirləri daşıyan kationik polipeptoid təqlidlərini uğurla sintez etmişdir. Ənənəvi anlayışın əksinə olaraq, bu kationik polipeptoidlər nəinki spiral quruluşu pozmamış, əksinə olduqca sabit, I tipli poliprolin kimi spirallar əmələ gətirmişdir. Bu iş "kationik yan zəncirlərin qaçılmaz olaraq spiralları qeyri-sabitləşdirdiyi" ənənəvi paradiqmaya meydan oxuyur və aşağı toksiklik və yüksək hüceyrə udma səmərəliliyini birləşdirən qabaqcıl funksional polimerlərin dizaynı üçün yeni yollar açır.

Bu gün David Baker və Gaurav Bhardwaj komandalarının rəhbərlik etdiyi və Nature Chemical Biology jurnalında dərc olunmuş tədqiqat məqaləsini paylaşırıq. Bu tədqiqat, RoseTTAFold2 (RF2) struktur proqnozlaşdırma şəbəkəsini və RFdiffuziya zülalının onurğa generasiya çərçivəsini inteqrasiya etməklə makrosiklik peptidlərin de-nevodizaynına imkan verən səs-küy salmayan diffuziya əsaslı generativ süni intellekt boru kəməri olan RFpeptidləri inkişaf etdirmişdir. Bu iş, ilk dəfə olaraq, dizayn edilmiş və eksperimental strukturlar arasında yüksək uyğunluq göstərən rentgen kristalloqrafiyası ilə təsdiqlənmiş, birdən çox protein hədəfini hədəf alan yüksək affinlikli makrosiklik peptid bağlayıcılarının dəqiq dizaynına nail olur (Cα RMSD

Bu gün Cesar de la Fuente-Nunez komandasının rəhbərliyi ilə Cell Biomaterials jurnalında dərc olunmuş tədqiqat məqaləsini paylaşırıq. Bu tədqiqat, gizli diffuziya modellərini və protein dili modellərini (pLM) inteqrasiya etməklə antimikrob peptidlərin (AMP) de-nevodizaynına imkan verən AMP-Diffusion adlı generativ süni intellekt platforması hazırladı. Bu iş, əvvəlcədən müəyyən edilmiş motivlər və ya struktur preorasiyalar tələb etmədən birbaşa ESM-2 yerləşdirmə məkanından funksional peptidlər yaradır. Eksperimental təsdiqləmə göstərdi ki, yaradılan peptidlərin 76%-i geniş spektrli antimikrob aktivliyi (çoxdərmanlara davamlı bakteriyalara qarşı da daxil olmaqla) nümayiş etdirir, standart antibiotiklərlə müqayisə edilə bilən in vivoeffektivliyə malikdir və antibiotik müqavimət böhranını həll etmək üçün miqyaslı, rasional dizayn vasitəsi təmin edir.

Bu gün Ewa Szczurek komandasının rəhbərlik etdiyi və Nature Communications jurnalında dərc olunmuş tədqiqat məqaləsini paylaşırıq. Bu tədqiqat, peptidlərin davamlı aşağı ölçülü təsvirlərini öyrənməklə yüksək antimikrob aktivliyə malik yeni antimikrob peptidləri (AMP) yaradan şərti variasiyalı avtoenkoder (cVAE) olan HydrAMP adlı dərin generativ model hazırladı. Bu iş, yaradılan peptidlərin müstəsna antibakterial təsirləri yaş laboratoriya təcrübələri ilə təsdiqlənərək, məlum aktiv/qeyri-aktiv peptidlərin analoqlarının idarəolunan generasiyasına nail olan ilk işdir. Bu, qlobal antimikrob müqavimət böhranını həll etmək üçün güclü hesablama dizayn vasitəsi təmin edir.